許多公司的職員發(fā)財回到英國后建立了自己的不動產(chǎn)、企業(yè)和獲得了政治權(quán)利。在英國國會中公司建立了一支自己的說客隊伍。但一些原來與東印度公司協(xié)助的有野心的商人也對公司施加壓力，他們希望能夠在印度建立自己的私人公司。在這些壓力下，1694年國會通過了一個非管制法案。這個法案允許任何英國公司與印度貿(mào)易，除非國會通過法案禁止該貿(mào)易。這樣英國國會實際上取消了施行了約100年的許可狀。

1698年國會通過法律建立了一個平行的u201c東印度公司u201d（官方名字為u201c英國東印度貿(mào)易公司u201d）這個公司擁有國家保障的二百萬英鎊的資金。但舊公司強(qiáng)大的分股人很快就購買了31.5萬英鎊的新公司的股份，這樣他們就在新公司中占多數(shù)了。兩個公司在英國和在印度抗?fàn)幜艘欢螘r間，都想獲得貿(mào)易的主宰地位。但很快就看得出老公司實際上幾乎沒有遇到任何競爭。

最后兩個公司于1702年合并，同時參加合并的還有政府的一些機(jī)構(gòu)和兩個其它公司。這個新公司向政府出借了320萬英鎊，作為交換獲得了此后三年的獨一特權(quán)。這個合并公司的全名為u201c英格蘭商人東印度貿(mào)易聯(lián)合公司u201d。

此后幾十年中國會和東印度公司之間不斷爭戰(zhàn)，公司希望自己成為一個永久性的設(shè)施，而國會則不放過任何機(jī)會來占用公司的財富而同時不使它獲得更大的自主權(quán)。

1712年雖然政府還清了它的債，但仍立了一條法律重申了公司的地位。

1720年英國15%的進(jìn)口來自印度，幾乎所有進(jìn)口通過東印度公司。

公司通過其說客它再次保證了其影響，1730年公司的許可狀被延長到1766年。

此時英國和法國成為了大敵。兩國之間常常為控制殖民地而發(fā)生小戰(zhàn)爭。

1742年，由于政府懼怕戰(zhàn)爭會導(dǎo)致財政困難，同意將東印度公司的許可證的期限延長到1783年，代價是公司向政府再貸款100萬英鎊。最后小沖突真的導(dǎo)致了戰(zhàn)爭。從1754年到1763年在七年戰(zhàn)爭中，英國的主要注意力集中在加固其在歐洲和北美洲的土地。戰(zhàn)爭也波及到印度。公司軍隊與法軍在那里爆發(fā)沖突。與此同時英國通過工業(yè)革命超過了它的歐洲競爭者。由于戰(zhàn)時軍隊和經(jīng)濟(jì)的補(bǔ)給需要與印度的貿(mào)易大增，同時英國獲得原材料的能力和生產(chǎn)方式的效率也提高了。其結(jié)果是英國人的生活水平提高。這個富強(qiáng)導(dǎo)致的生產(chǎn)和需求又提高了它對遠(yuǎn)洋貿(mào)易的需要。東印度公司成為英國對世界市場的單一最大占有者，并對政府施政加以影響。

威廉·派恩在他1808年的書《倫敦的微觀世界》中寫道：

u201c1801年3月1日，東印度公司欠債5,393,989英鎊，擁有動產(chǎn)15,404,736英鎊，其銷售從1793年2月從4,988,300英鎊提高到現(xiàn)時的7,602,041英鎊。u201d

自17世紀(jì)中期，東印度公司開始涉足硝石貿(mào)易。由于硝石是制造火藥的原料，因此英國軍隊對硝石的需求十分殷切，而英皇每次訂下的合約往往需要上數(shù)百噸的硝石，東印度公司則可從中賺上數(shù)萬鎊。公司其中一位總督甚至曾經(jīng)在1864年說到，從賣硝石賺的錢比課鹽稅還要高。

在這段時期，東印度公司于中國、印度和英國建立了一條呈三角關(guān)系的貿(mào)易航線，好使英國從當(dāng)?shù)剡M(jìn)口茶葉和絲綢。