國(guó)家出入境檢驗(yàn)檢疫局于1998年在國(guó)務(wù)院機(jī)構(gòu)改革中組建。
　　國(guó)務(wù)院在關(guān)于國(guó)家出入境檢驗(yàn)檢疫局職能配置、內(nèi)設(shè)機(jī)構(gòu)和人員編制規(guī)定中明確規(guī)定：
　?、賹⒃尚l(wèi)生部承擔(dān)的國(guó)境衛(wèi)生檢疫、進(jìn)口食品衛(wèi)生監(jiān)督檢驗(yàn)的職能，交給國(guó)家出入境檢驗(yàn)檢疫局。
　　②將原由農(nóng)業(yè)部承擔(dān)的進(jìn)出境動(dòng)植物檢疫的職能，交給國(guó)家出入境檢驗(yàn)檢疫局。
　?、蹖⒃瓏?guó)家進(jìn)出口商品檢驗(yàn)局承擔(dān)的進(jìn)出口商品檢驗(yàn)、鑒定和監(jiān)管的職能，交給國(guó)家出入境檢驗(yàn)檢疫局。
　　新組建的國(guó)家出入境檢驗(yàn)檢疫局是主管出入境衛(wèi)生檢疫、動(dòng)植物檢疫和商品檢驗(yàn)的行政執(zhí)法機(jī)構(gòu)。其主要職責(zé)任務(wù)是：
　?。?）研究擬定有關(guān)出入境衛(wèi)生檢疫、動(dòng)植物檢疫及進(jìn)出口商品檢驗(yàn)法律、法規(guī)和政策規(guī)定的實(shí)施細(xì)則、辦法及工作規(guī)程，督促檢查出入境檢驗(yàn)檢疫機(jī)構(gòu)貫徹執(zhí)行。
　?。?）組織實(shí)施出入境檢驗(yàn)檢疫、鑒定和監(jiān)督管理；負(fù)責(zé)國(guó)家實(shí)行進(jìn)口許可制度的民用商品入境驗(yàn)證管理；組織進(jìn)出口商品檢驗(yàn)檢疫的前期監(jiān)督和后續(xù)管理。
　　（3）組織實(shí)施出入境衛(wèi)生檢疫、傳染病監(jiān)測(cè)和衛(wèi)生監(jiān)督；組織實(shí)施出入境動(dòng)植物檢疫和監(jiān)督管理；負(fù)責(zé)進(jìn)出口食品衛(wèi)生、質(zhì)量的檢驗(yàn)、監(jiān)督和管理工作。
　?。?）組織實(shí)施進(jìn)出口商品法定檢驗(yàn)；組織管理進(jìn)出口商品鑒定和外商投資財(cái)產(chǎn)鑒定；審查批準(zhǔn)法定檢驗(yàn)商品的免驗(yàn)和組織辦理復(fù)驗(yàn)。
　　（5）組織對(duì)進(jìn)出口食品及其生產(chǎn)單位的衛(wèi)生7711第二十五章出入境檢驗(yàn)檢疫基礎(chǔ)知識(shí)注冊(cè)登記及對(duì)外注冊(cè)管理；管理出入境檢驗(yàn)檢疫標(biāo)志、進(jìn)口安全質(zhì)量許可、出口質(zhì)量許可并負(fù)責(zé)監(jiān)督檢查；管理和組織實(shí)施與進(jìn)出口有關(guān)的質(zhì)量認(rèn)證認(rèn)可工作。
　?。?）負(fù)責(zé)涉外檢驗(yàn)檢疫和鑒定機(jī)構(gòu)（含中外合資、合作的檢驗(yàn)、鑒定機(jī)構(gòu)）的審核認(rèn)可并依法進(jìn)行監(jiān)督。
　　（7）負(fù)責(zé)商品普惠制原產(chǎn)地證和一般原產(chǎn)地證的簽證管理。
　?。?）負(fù)責(zé)管理出入境檢驗(yàn)檢疫業(yè)務(wù)的統(tǒng)計(jì)工作和國(guó)外疫情的收集、分析、整理，提供信息指導(dǎo)和咨詢服務(wù)。
　?。?）擬定出入境檢驗(yàn)檢疫科技發(fā)展規(guī)劃；組織有關(guān)科研和技術(shù)引進(jìn)工作；收集和提供檢驗(yàn)檢疫技術(shù)情報(bào)。
　?。?0）垂直管理出入境檢驗(yàn)檢疫機(jī)構(gòu)。
　?。?1）開展有關(guān)的國(guó)際合作與技術(shù)交流，按規(guī)定承擔(dān)技術(shù)性貿(mào)易壁壘和檢疫協(xié)議的實(shí)施工作，執(zhí)行有關(guān)協(xié)議。