根據(jù)《國務(wù)院關(guān)于機構(gòu)設(shè)置的通知》（國發(fā)〔１９９８〕５號），設(shè)置海關(guān)總署（正部級），為國務(wù)院直屬機構(gòu)。海關(guān)總署是國務(wù)院主管海關(guān)工作的行政執(zhí)法機構(gòu)。
一、職能調(diào)整
（一）劃入的職能。
１．撤銷國家口岸辦公室，將其口岸規(guī)劃、審理等職能交給海關(guān)總署承擔(dān)。
２．撤銷全國打擊走私領(lǐng)導(dǎo)小組，其職能交給海關(guān)總署承擔(dān)，由海關(guān)總署統(tǒng)一負(fù)責(zé)打擊走私工作。
３．將原由對外貿(mào)易經(jīng)濟合作部負(fù)責(zé)的出口商品原產(chǎn)地規(guī)則協(xié)調(diào)管理職能，交給海關(guān)總署承擔(dān)。
４．將原由國務(wù)院關(guān)稅稅則委員會負(fù)責(zé)的有關(guān)立法調(diào)查研究工作、稅法起草工作和稅法執(zhí)行過程中的一般性解釋工作，交給海關(guān)總署承擔(dān)。
（二）轉(zhuǎn)變的職能。
１．取消原國家口岸辦公室有關(guān)指導(dǎo)地方口岸管理的職能。
２．將海關(guān)車船、服裝、計算機、檢查設(shè)備等裝備的購置及建造和實施教育培訓(xùn)計劃及機關(guān)事務(wù)管理職能，交給總置直屬事業(yè)單位承擔(dān)。
二、主要職責(zé)
根據(jù)以上職能調(diào)整，海關(guān)總署的主要職責(zé)是：
（一）研究擬定海關(guān)工作的方針、政策、法律、法規(guī)和發(fā)展規(guī)劃并組織實施和監(jiān)督檢查。
（二）研究擬定關(guān)稅征管條例及實施細(xì)則，組織實施進出口關(guān)稅及其他稅費的征收管理，依法執(zhí)行反傾銷、反補貼措施。
（三）組織實施進出境運輸工具、貨物、行郵物品和其他物品的監(jiān)管，研究擬定加工貿(mào)易、保稅區(qū)、保稅倉庫、保稅工廠及其他保稅業(yè)務(wù)的監(jiān)管制度并組織實施。
（四）研究擬定進出口商品分類目錄，擬定進出口商品原產(chǎn)地規(guī)則，組織實施知識產(chǎn)權(quán)海關(guān)保護。
（五）編制國家進出口貿(mào)易統(tǒng)計，發(fā)布國家進出口貿(mào)易統(tǒng)計信息。
（六）統(tǒng)一負(fù)責(zé)打擊走私工作，組織查處走私案件，組織實施海關(guān)輯私，負(fù)責(zé)對走私犯罪案件進行偵查、拘留、執(zhí)行逮捕、預(yù)審工作。
（七）制定海關(guān)稽查規(guī)章制度，組織實施海關(guān)稽查。
（八）研究擬定口岸對外開放的整體規(guī)劃及口岸規(guī)范的具體措施和辦法，審理口岸開放。
（九）垂直管理全國海關(guān)，管理全國海關(guān)的組織機構(gòu)、人員編制、工資福利、教育培訓(xùn)及署管干部任免。
（十）研究擬定海關(guān)科技發(fā)展規(guī)劃，組織實施海關(guān)信息化管理，管理全國海關(guān)經(jīng)費、固定資產(chǎn)和基本建設(shè)。
（十一）開展海關(guān)領(lǐng)域的國際合作與交流。
（十二）承辦國務(wù)院交辦的其他事項。
根據(jù)國務(wù)院規(guī)定，管理國家出入境檢驗檢疫局。
三、內(nèi)設(shè)機構(gòu)
根據(jù)上述職責(zé)，海關(guān)總署設(shè)１０個職能司（局、廳）：
（一）辦公廳（口岸規(guī)劃辦公室）
協(xié)助署領(lǐng)導(dǎo)研究擬定海關(guān)工作的方針政策和發(fā)展規(guī)劃，組織政策研究；負(fù)責(zé)綜合情況、審定文稿、溝通信息、組織會議、新聞宣傳、辦公自動化、督查督辦和文書檔案管理；研究提出各類對外開放口岸的整體規(guī)劃及口岸規(guī)范的具體措施并組織實施，組織協(xié)調(diào)口岸通關(guān)中各有關(guān)部門的工作關(guān)系。

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