歷史上中國高等學校多隸屬于國家不同的部委，各個部委辦自己特色的高校。國家教育領導體制改革后，中央將原來的部委所屬高校調(diào)整為教育部主管和部分其他部委主管，其他高校改由省級地方政府管理，即形成了21世紀初的高校隸屬格局：少數(shù)中央部（委）屬高校和多數(shù)地方政府所屬高校。中央部屬高校得到的資源較多，發(fā)展較快，而大多數(shù)省屬高校得到的財政支持較少，其發(fā)展受到了一定的限制。

2004年，教育部經(jīng)過認真、慎重的論證和研究，決定與河南省重點共建鄭州大學，此即中國第一所省部共建大學的由來。同年決定與中西部無教育部直屬高校的省（自治區(qū)、直轄市、新疆生產(chǎn)建設兵團）各共建一所地方所屬大學，即省屬高校與教育部共建。

教育部在山西大學設立教育部省部共建工作研究中心由教育部直屬高校工作辦公室（原教育部直屬高校工作司）直接領導，立足于省部共建或重點支持高校，掛靠山西大學開展研究工作。中心成立以來，一直得到教育部直屬高校工作司和各共建高校的重視與支持，成為省部共建大學相互學習與發(fā)展的重要平臺。

自2004年河南省與教育部共建鄭州大學以來，共建進一步擴展到東部沿海經(jīng)濟發(fā)達省（市）份，如浙江、廣東、福建、 江蘇、上海、山東等。至此，全國31個省、直轄市、自治區(qū)和新疆生產(chǎn)建設兵團都有了地方政府與教育部共建大學。據(jù)統(tǒng)計，2004年到2011年，全國省部共建了22所高校，2012年到2014年3年間就增加了21所，2015年增加23所，2016年更是多達35所，2017年也有15所，已有近120所高校進入省部共建大學。^[3][4]

2018年中央財政支持地方高校改革發(fā)展資金，已由財政部和教育部聯(lián)合下達，總經(jīng)費高達114.6億元，其中一部分正是撥給部省合作共建高校。山西大學、河北大學、鄭州大學、南昌大學、云南大學、貴州大學、海南大學、青海大學、西藏大學、內(nèi)蒙古大學、廣西大學、寧夏大學、新疆大學、石河子大學等入選國家u201c中西部高校綜合實力提升工程u201d的14所高校由此前的u201c省部共建u201d升級為u201c以部為主、部省合建u201d高校行列，這14所高校所在的省份均沒有一所教育部直屬高校，將獲得更多中央投入的專項經(jīng)費，在人才引進、科研平臺等方面支持，有利于縮小與中央部屬高校的差距。同年，上海中醫(yī)藥大學成為教育部與地方政府u201c部市共建u201d的第一所中醫(yī)藥院校。^[4][5]

2019年12月26日，教育部與四川省人民政府在成都簽署《共建四川大學等8所u201c雙一流u201d建設高校協(xié)議》。根據(jù)協(xié)議，教育部和四川省將共同推進四川大學、電子科技大學世界一流大學建設，共同推進西南交通大學、西南財經(jīng)大學、四川農(nóng)業(yè)大學、成都理工大學、西南石油大學、成都中醫(yī)藥大學世界一流學科建設。^[6]